农学院前身是成立于1959年的新疆生产建设兵团农学院，1996年6月四校合并为石河子大学时成立石河子大学农学院。现有教职员工165人，其中专任教师127人，教授57人，副教授60人，专任教师中具有博士学位的120人。学院引进院士2人，入选国家级人才5人，拥有全国模范教师1人，全国民族团结先进个人1人，国务院特殊津贴专家4人，教育部新世纪优秀人才2人，自治区突出贡献专家1人，自治区自然科学专家11人，农业部有突出贡献的中青年专家1人，兵团突出贡献专家1人，兵团首席科普传播专家1人，国家教学名师1人，国家科技创业领军人才2人，省部级人才30余人。

 学院现有1个国家重点学科（作物学），2个兵团重点学科（作物学、植物保护）。建有院士工作站2个，建有部省共建国家重点实验室培育基地绿洲生态农业兵团重点实验室，绿洲作物高效生产与农业环境保护国家国际科技合作基地，新疆兵团农业大数据国家地方联合工程研究中心，兵团特色果蔬栽培生理与种质资源创新利用重点实验室，新疆绿洲农业病虫害治理与植保资源利用自治区重点实验室。建有国家级教学团队1个，自治区科技创新团队1个，兵团重点领域创新团队2个，国家级一流专业4个，省级一流专业2个，国家级精品课程2门，新疆维吾尔自治区精品课程3门，兵团级精品课程3门，国家一流课程2门，省级一流课程9门，国家级课程思政示范课1门，省级课程思政示范课5门（研究生课程思政示范课3门）。

学院现有1个作物学博士后流动站，作物学、园艺学2个一级学科博士点，作物学、园艺学、农业资源与环境、植物保护4个一级学科硕士点，农业研究生专业学位授权点，农学、种子科学与工程、植物保护、农业资源与环境、园艺、设施农业科学与工程、智慧农业7个本科专业，植物生产类（农学、种子科学与工程、植物保护、园艺、设施农业科学与工程）按大类一批次招生。

学院以服务兵团现代农业发展对人才和科技的需求为导向，以解决区域性现代农业生产中的关键科学和技术问题为目标，按照新农科的要求，致力于培养掌握扎实的农业科学的基本理论、基本技能、身心健康、适应现代农业发展需求的知农爱农高素质创新性复合型、应用型人才。