2022年8月，教育部和国务院国资委联合正式启动国家卓越工程师学院试点建设。首批国家卓越工程师学院试点牵头建设单位一共18家，其中高校10家，分别是清华大学、北京航空航天大学、北京理工大学、浙江大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学、东南大学、华中科技大学、重庆大学以及西北工业大学，东南大学是江苏省唯一首批试点牵头建设单位；同时，中国航天科工集团、中国航空工业集团、中国船舶集团、中国兵器工业集团、中国电子科技集团、中国石油天然气集团、中国宝武钢铁集团、中国信息通信科技集团等8家央企也入选首批试点牵头建设单位。

　　学校于2023年6月成立实体化运行的东南大学国家卓越工程师学院（以下简称卓工学院）。于东南大学九龙湖校区南侧启用6000平方米办学载体，为校企联合培养人才提供实训实验计算一体化平台、校企课程培训交流场所。组建近20个岗位的管理团队，负责思政、招生、培养、学位评定、学生管理、科研对接和平台建设。构建卓工学院的理事会负责制，采用“一校对多企”共建模式，根据国家重大战略需要以及校企合作基础设立五大板块：强电板块、弱电板块、机电板块、土建交板块、江苏板块），首批邀请多家央企、国企和行业龙头企业共建卓越工程师技术中心，结合东南大学多个工科学院的特色，按照“一院一企一中心”的布局，建设15个校企卓越工程师技术中心。

　　以“项目制”作为卓越工程师学院的招生、培养基本模式，面向重大工程、紧缺产业、卡脖子技术，根据政府引导和企业出题，学校遴选由院士、国家级高层次人才领衔的校内导师团队、以及由项目总工、总师、首席等工程人才领衔的校外导师团队，并拔尖选拔免试研究生、考研优秀生，共同开展有组织的科研技术攻关和人才联合培养。2023年遴选集成电路、新一代信息通信技术、智慧能源、低碳建造、智慧交通等6个卓工项目，招收129名硕士。2024年遴选新一代人工智能技术、前沿交叉电子材料、电磁空间关键技术、毫米波亚毫米波技术等25个项目，招收295名硕士。成熟期卓越工程师培养培养规模达到1500人左右。面向重大需求、围绕地方产业特色，推进苏州、无锡、南通卓工专项。设计以“项目制”为基础的工学交替培养模式，硕士研究生学制三年，在企业科研实践累计不少于1年；博士研究生学制四年，在企业科研实践累计不少于2年。统筹本硕博专业课程，联合企业共同建设涵盖相关领域的系列专业课程13门；参与教育部“卓工核心课程视频库”与“工程类专业学位研究生精品在线课程”建设工作，打造高质量课程体系。以培养工程技术创新创造能力为核心，加快工程硕博士研究生成果评价体系改革。以提高核心技术攻关能力和独立解决复杂工程技术问题能力为核心，将工程新技术研究、重大工程设计、新产品开发、新装置研制等作为研究生毕业和学位授予的重要依据。

　　东南大学依托国家卓越工程师学院建设，培育核心导师团队，开发核心课程，攻关核心技术，打造卓越工程师培养“样板间”；实现校企共同招生、共同培养、共同选题、共享成果和师资互通、课程打通、平台融通、政策畅通的“四共”“四通”机制，做实产教融合人才培养共同体，探索形成工程硕博士有组织联合培养的新范式。未来将建成具有中国特色、世界一流的国家卓越工程师学院。